1）、降低了換熱效果。多數換熱器都是用碳素鋼制成的，而碳素鋼的導熱系數為46.4-52.2W/（m*k），而水垢的導熱系數為0.464-0.679W/（m*k），只有碳素鋼的1%左右，顯然水垢或其它沉積物的導熱系數比金屬低得多。因此當水垢或其它沉積物覆蓋在換熱器表面上時，就如同在換熱器表面裹上一層厚厚的棉衣，大大降低換熱器的換熱效率，如果想要維持其制熱或制冷，勢必增加能耗。

2）、使冷卻水的循環速度和流量減少。沉積物或微生物污垢覆蓋在換熱器及其管壁上，甚至堵塞管道，這樣使單位時間通過的循環水量減少了，循環速度減慢了，從而導致換熱效果進一步降低。

3）、加速腐蝕。沉積物和微生物的存在，促使了濃差腐蝕電池的形成及垢下腐蝕的產生，從而加速了金屬被腐蝕的速度。

4）、縮短了設備的使用壽命。一方面沉積物和微生物粘泥覆蓋在換熱器表面，阻止了設備的有效換熱，從而使換熱器表面的金屬長期處于高溫熱負荷狀態，導致了金屬疲勞；另一方面，腐蝕的發生會導致換熱器的管壁變薄，尤其是垢下腐蝕還會導致設備穿孔泄漏，這些情況的發生，使得設備的使用壽命縮短。

5）、增加了運行成本。為使設備保持足夠的換熱效率，必須采取增加水量，增大能源供給等措施，同時為維修、更換因腐蝕原因造成損害的設備，必然增加費用，從而增大了設備的運行成本。